Die Zusammenarbeit in der Forschungsallianz Immunmedizin koordinieren die Universitäten aus eigenen Mitteln.
Der Ausbau der Forschungsschwerpunkte an den Universitäten zu außeruniversitären Einrichtungen wird vom Freistaat Bayern unterstützt.
Ergänzend werden Kooperationen mit der Wirtschaft aufgebaut.